У свом саставу Завод има следеће организационе јединице:

1. Одељење општих послова,
2. Одељење за истраживање, заштиту и документацију,
3. Одељење за архитектуру,
4. Одељење за сликарство и физичко-хемијска лабораторија

ОДЕЉЕЊЕ ОПШТИХ ПОСЛОВА

Одељење општих послова има у свом саставу следеће јединице:

1. Секретаријат
2. Рачуноводство

1. У секретаријату се обављају стручни послови правне заштите непокретних културних добара, прате се и примењују закони и други прописи и израђују нормативни акти Завода, обављају се послови из области радних односа, јавних набавки, спровођење управног поступка, израђују предлози одлука за проглашење категоризацију непокретних културних добара и обављају други послови из области примене правних прописа, обављају послови архиве, дактилографски послови, као и послови одржавања пословних просторија и старање о њиховој безбедности као и о исправности моторних возила Завода и друге опреме у Заводу.

2. У рачуноводству се обављају стручни послови рачуноводства и књиговодства уз праћење финансијских прописа и набавку материјала и инвентара за Завод и радилишта Завода. Израђује се годишња анализа прихода и расхода, врши контрола финансијске документације, као и израда периодичног и годишњег рачуна.

ОДЕЉЕЊЕ ЗА АРХИТЕКТУРУ

У Одељењу за архитектуру обављају се следећи послови:

• истраживање и валоризација непокретних културних добара;
• израда техничке документације о непокретним културним добрима;
• утврђивање предлога услова за извођење мера техничке заштите и других радова на непокретним културним добрима;
• израда пројеката мера техничке заштите и других архитектонско-грађевинских радова на непокретним културним добрима;
• израда предлога сагласности на пројекте мера техничке заштите и других архитектонско-грађевинских радова на непокретним културним добрима;
• конзерваторски надзор над извођењем архитектонско-грађевинских мера техничке заштите непокретних културних добара;
• пријем архитектонско-грађевинских радова на непокретним културним добрима;
• учешће у изради и израда просторних и урбанистичких планова.

ОДЕЉЕЊЕ ЗА ИСТРАЖИВАЊЕ, ЗАШТИТУ И ДОКУМЕНТАЦИЈУ

У Одељењу за истраживање, заштиту и документацију обављају се следећи послови:

• истраживање, валоризација, централни регистар и документација о непокретним културним добрима;
• археолошка истраживања и ископавања;
• послови фотослужбе и фототеке;
• вођење техничке документације и планотеке;
• извоз добара која уживају претходну заштиту;
• издавачка делатност;
• вођење библиотеке.

ОДЕЉЕЊЕ ЗА СЛИКАРСТВО И ФИЗИЧКОХЕМИЈСКА ЛАБОРАТОРИЈА

Одељење за сликарство и физичкохемијска лабораторија има у свом саставу следеће јединице:

1. Атеље за конзервацију зидних слика, икона, иконостаса, мозаика и пластике;
2. Физичко-хемијску лабораторију.

У Атељеу за конзервацију зидних слика, икона, иконостаса, мозаика и пластике обављају се следећи послови: Испитује се стање, узроци оштећења, угрожености и пропадања културних добара, састав материјала од којих су начињени и технологију њихове израде, услове под којима егзистирају, испитује средства и методе за заштиту културних добара и стара се о примени одабраних. Израђују се планови, врши истраживање и евидентирање споменика културе и добара која уживају претходну заштиту, истраживање материјала за потребе конзерваторске праксе и објављивање резултата истраживања, израда документације о живопису, мозаицима, иконопису и покретним културним добрима, каменој пластици и скулптури и изведеним конзерваторско-рестаураторским радовима, израда пројеката и елабората за извођење конзерваторско-рестаураторских радова и презентација, руковођење извођењем и непосредно извођење тих радова, истраживања у циљу изналажења нових метода и материјала за конзервацију и рестаурацију зидног сликарства, покретних културних добара и камене пластике и скулптура, израда студија и монографија о споменицима културе, остваривање увида у заштиту и коришћење споменика културе од великог и од изузетног значаја и предлагање мера заштите, послови пропагирања културног наслеђа и стручног усавршавања кадрова путем држања предавања, учествовање путем реферата на семинарима, курсевима.

У физичко-хемијској лабораторији обављају се следећи послови испитивања: узорака, процеса који се користе при конзервацији и рестаурацији, материјала који се користе при конзервацији и рестаурацији, услова у којима се споменика налази. Испитују се узорци материјала који се користе при изради уметничког дела (зидне слике, штафелајне слике, декорације, предмети), затим грађевински материјали када је објекат у питању (цигла, камен, дрво, малтер). Врши се испитивање процеса, њихово карактерисање, побољшање (ињектирање, консолидација, чишћење), затим испитивање материјала хемијских и физичких карактеристика материјала који се користе при конзервацији и рестаурацији, одређивање начина примене као испитивање услова микроклиматских услова, разних утицаја средине на деградацију споменика.